pymol 安装、许可证以及报错:pymol not running: entering library mode(experienment)
创始人
2025-06-01 11:50:30
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(1)报错:

通过pymol:interfaceresidue.py 运行时候出现报错:

pymol not running: entering library mode(experienment) 

(2)分析原因:

  1. 确认Pymol的安装目录是否正确:你需要检查Pymol的安装位置,确保其安装在正确的位置。可以从Pymol的官方网站或其他可靠的来源上下载Pymol的安装程序,并且确保在安装Pymol时,选择正确的安装路径。

  2. 检查Pymol的资源文件是否存在:如果Pymol无法找到必要的资源文件,例如pypovray等库文件,就会出现“entering library mode(experienment)”错误。你可以在Pymol的安装目录中查找这些缺失的库文件,并将它们拷贝到Pymol的安装目录中。

  3. 检查环境变量是否设置:Pymol需要一些环境变量来支持其正常运行,例如PYTHONPATH和PYMOL_PATH。这些环境变量需要设置正确,以便Pymol能够正确加载所需的库文件和资源文件。你可以使用命令行的set命令来检查这些环境变量是否设置正确。

  4. 更新Pymol版本:如果你的Pymol版本过旧,可能会导致“entering library mode(experienment)”错误。在这种情况下,你需要更新到最新版本的Pymol,或者选择一个经过验证的稳定版本。

  5. 检查pymol的许可证是否过期

(3)解决:

一pymol许可证获取:

【学习】:PyMOL免费下载及安装教程【Win版】 - 简书 (jianshu.com)

  • 官网:https://pymol.org/2/
  • 打开官网,点击DOWNLOAD NOW,选择需要的版本
  • 选择保存地址,一路点击next安装
  • 经过1,2步骤安装的PyMOL是没有灵魂的试用版本

    此时你需要先有一个邮箱【不限定学校邮箱,亲测163也可以用】

    还是官网,点击右侧按钮“BUY LICENSE”

  • 点击“Student/Teacher”

  • 填入各项信息【只要邮箱是真实的就可以,其他都可以随便填填】

  • 填入验证码,等待激活邮件【验证码是下面的图片:

  • 邮件本件,根据网址下载你的注册文件 

  • 打开连接之后会让输入账号和密码:对应的就是username,password

  • 下载许可证文件

  • 打开你的PyMOL,在弹出窗口上找到注册licence点击导入上面下载的注册文件即可 

二、获得许可证之后发现依旧行不通:

interfaceresidue.py 函数进行修改,增加一个文件workdir参数,运行成功 

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